Violento resultó también, en un primer momento, el amotinamiento burgalés, si bien la ciudad del Arlanza cambiará luego de bando erigiéndose, por ello mismo, en factor clave de la victoria imperial. Aun así, la llama comunera también prendió.
El 10 de junio de 1520, cuando el regidor decidió convocar una reunión en la capilla de Santa Catalina de la Catedral para desmentir la propaganda contraria a las Cortes de Santiago-La Coruña, la multitud, enfurecida contra los representantes García Ruiz de la Mota y Juan Pérez de Cartagena y alentada por el espadero Juan y el sombrerero Bernardo Roca, se amotinó en su contra, le increpó y forzó su huida. De inmediato, los rebeldes procedieron a tomar la fortaleza y, dueños de la ciudad, nombraron nuevo corregidor en la persona de Diego de Osorio, hermano de Antonio de Acuña, obispo de Zamora y célebre comunero.
Incapaz de contener los desórdenes, el recién nombrado asistió atónito al saqueo de las propiedades de los poderosos por parte de la multitud alzada: incendiaron la casa del procurador Garci Ruiz de la Mota, hermano del obispo Mota, fiel aliado del emperador, pero también las de Diego de Soria, Juan Pérez de Cartagena, Francisco Castellón y la de más de un recaudador de impuestos.
Peor suerte corrió el ciudadano de origen francés Giofredo Garci Jofré de Cotannes, aposentador real que se había hecho conceder por los flamencos la fortaleza de Lara en medio de la oposición generalizada de la ciudad. Además de incendiar su casa, le apresaron después de huir y refugiarse en la iglesia de Atapuerca. No les importó a los amotinados que llevase en sus manos el Santísimo: de un golpe se lo arrebataron, uno le dio una puñalada en el costado, otro le dividió el cráneo de un hachazo y un tercero le echó una soga al cuello. Aunque ya muerto, su cuerpo continuó recibiendo estocadas y, a decir de Sandoval al final «le trajeron arrastrando por las calles y lo ahorcaron, colgándole de los pies y la cabeza abajo». Incluso, como refiere Mexía, «atravesado con mil heridas, fue colgado y luego entregado en manos de los niños para que lo arrastrasen».